m4/yat_check_libbam.m4

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2868 12 Nov 12 peter 1 ## $Id$
2868 12 Nov 12 peter 2 #
3885 25 Mar 20 peter 3 # serial 11 (yat 0.18)
2868 12 Nov 12 peter 4 #
2868 12 Nov 12 peter 5 #
3870 24 Feb 20 peter 6 #   Copyright (C) 2012, 2013, 2014, 2015, 2018, 2020 Peter Johansson
2868 12 Nov 12 peter 7 #
2868 12 Nov 12 peter 8 #   This file is part of the yat library, http://dev.thep.lu.se/yat
2868 12 Nov 12 peter 9 #
2868 12 Nov 12 peter 10 #   The yat library is free software; you can redistribute it and/or
2868 12 Nov 12 peter 11 #   modify it under the terms of the GNU General Public License as
2868 12 Nov 12 peter 12 #   published by the Free Software Foundation; either version 3 of the
2868 12 Nov 12 peter 13 #   License, or (at your option) any later version.
2868 12 Nov 12 peter 14 #
2868 12 Nov 12 peter 15 #   The yat library is distributed in the hope that it will be useful,
2868 12 Nov 12 peter 16 #   but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
2868 12 Nov 12 peter 17 #   MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
2868 12 Nov 12 peter 18 #   General Public License for more details.
2868 12 Nov 12 peter 19 #
2868 12 Nov 12 peter 20 #   You should have received a copy of the GNU General Public License
2868 12 Nov 12 peter 21 #   along with yat. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
2868 12 Nov 12 peter 22
3415 30 Apr 15 peter 23
3885 25 Mar 20 peter 24 ## Macros in the file are deprecated
3415 30 Apr 15 peter 25
2868 12 Nov 12 peter 26
3415 30 Apr 15 peter 27 # YAT_CHECK_BAM([action-if-found], [action-if-not-found])
3415 30 Apr 15 peter 28 # =======================================================
3415 30 Apr 15 peter 29 # Check if header and lib is available for old samtools API 0.1.x
3415 30 Apr 15 peter 30 AC_DEFUN([YAT_CHECK_BAM],
3415 30 Apr 15 peter 31 [
3415 30 Apr 15 peter 32   YAT_HEADER_BAM([YAT_LIB_BAM([$1], [$2])],
3415 30 Apr 15 peter 33                  [$2])
3415 30 Apr 15 peter 34 ])
3415 30 Apr 15 peter 35
3415 30 Apr 15 peter 36
3415 30 Apr 15 peter 37 # YAT_HEADER_BAM([action-if-found], [action-if-not-found])
3415 30 Apr 15 peter 38 # ==============================================================
3415 30 Apr 15 peter 39 # Check how to include bam.h
3415 30 Apr 15 peter 40 AC_DEFUN([YAT_HEADER_BAM],
3415 30 Apr 15 peter 41 [
3415 30 Apr 15 peter 42   YAT_CHECK_HEADERS([bam.h bam/bam.h samtools/bam.h], [$1], [$2])
3415 30 Apr 15 peter 43 ]) # YAT_HEADER_BAM
3415 30 Apr 15 peter 44
3415 30 Apr 15 peter 45
3415 30 Apr 15 peter 46 # YAT_LIB_BAM([action-if-found], [action-if-not-found])
2868 12 Nov 12 peter 47 # ==========================================================
2868 12 Nov 12 peter 48 #
3415 30 Apr 15 peter 49 AC_DEFUN([YAT_LIB_BAM],
2868 12 Nov 12 peter 50 [
2868 12 Nov 12 peter 51 BAM_LIBS=no
3415 30 Apr 15 peter 52 AC_MSG_CHECKING([for library containing bam_header_destroy])
3415 30 Apr 15 peter 53 for libs in "" "-lbam" "-lbam -lpthread"; do
2868 12 Nov 12 peter 54   AS_IF([test x"$BAM_LIBS" = x"no"], [
2868 12 Nov 12 peter 55     YAT_LINK_BAM_IFELSE([$libs], [BAM_LIBS=$libs])
2868 12 Nov 12 peter 56   ])
2868 12 Nov 12 peter 57 done
2868 12 Nov 12 peter 58 AS_IF([test x"$BAM_LIBS" = x""], [
2868 12 Nov 12 peter 59   AC_MSG_RESULT([none required])
2868 12 Nov 12 peter 60 ],[
2868 12 Nov 12 peter 61   AC_MSG_RESULT([$BAM_LIBS])
2868 12 Nov 12 peter 62 ])
2943 04 Jan 13 peter 63 AS_IF([test x"$BAM_LIBS" = xno], [$2], [$1])
3415 30 Apr 15 peter 64 ]) # YAT_LIB_BAM
2868 12 Nov 12 peter 65
2868 12 Nov 12 peter 66
2868 12 Nov 12 peter 67
2868 12 Nov 12 peter 68 # YAT_LINK_BAM_IFELSE([lib], [action-if-found], [action-if-not-found])
2868 12 Nov 12 peter 69 # ====================================================================
2868 12 Nov 12 peter 70 # Add lib to LIBS and try to link some code using libbam
2868 12 Nov 12 peter 71 AC_DEFUN([YAT_LINK_BAM_IFELSE],
2868 12 Nov 12 peter 72 [
2868 12 Nov 12 peter 73 save_LIBS=$LIBS
2868 12 Nov 12 peter 74 LIBS="$1 $LIBS"
3068 01 Aug 13 peter 75 AC_LINK_IFELSE([AC_LANG_PROGRAM([_YAT_BAM_INCLUDES],
3068 01 Aug 13 peter 76                                 [
2943 04 Jan 13 peter 77                                  bam_header_t* hdr = bam_header_init();
2868 12 Nov 12 peter 78                                  bam_header_destroy(hdr);
2868 12 Nov 12 peter 79                                 ])],
2868 12 Nov 12 peter 80                [$2], [$3])
2868 12 Nov 12 peter 81 LIBS=$save_LIBS
2868 12 Nov 12 peter 82 ]) # YAT_LINK_BAM_IFELSE
2986 18 Feb 13 peter 83
3415 30 Apr 15 peter 84
2986 18 Feb 13 peter 85 # YAT_BAM_NT16_REV_TABLE
2986 18 Feb 13 peter 86 # ====================================================================
2986 18 Feb 13 peter 87 # Check if global variable bam_nt16_rev_table is available in
2986 18 Feb 13 peter 88 # -lbam. If found call AC_DEFINE(HAVE_BAM_NT16_REV_TABLE).
2986 18 Feb 13 peter 89 AC_DEFUN([YAT_BAM_NT16_REV_TABLE],
2986 18 Feb 13 peter 90 [
2986 18 Feb 13 peter 91 AC_MSG_CHECKING([for bam_nt16_rev_table])
3068 01 Aug 13 peter 92 AC_LINK_IFELSE([AC_LANG_PROGRAM([_YAT_BAM_INCLUDES],
3068 01 Aug 13 peter 93                   [char c = bam_nt16_rev_table@<:@7@:>@;])
2986 18 Feb 13 peter 94                ],[
2986 18 Feb 13 peter 95                  AC_MSG_RESULT([yes])
2986 18 Feb 13 peter 96                  AC_DEFINE([HAVE_BAM_NT16_REV_TABLE], [1],
2986 18 Feb 13 peter 97                            [Define to 1 if libbam contains bam_nt16_rev_table])
2986 18 Feb 13 peter 98                ],[
2986 18 Feb 13 peter 99                  AC_MSG_RESULT([no])
2986 18 Feb 13 peter 100                ])
2986 18 Feb 13 peter 101 ]) # YAT_BAM_NT16_REV_TABLE
3068 01 Aug 13 peter 102
3068 01 Aug 13 peter 103
3306 21 Aug 14 peter 104 # YAT_FUNC_BAM_CALEND(SAM_FILE)
3306 21 Aug 14 peter 105 # ===================
3306 21 Aug 14 peter 106 # Check if there is a bam_calend that works
3306 21 Aug 14 peter 107 AC_DEFUN([YAT_FUNC_BAM_CALEND],
3306 21 Aug 14 peter 108 [
3306 21 Aug 14 peter 109   AC_CACHE_CHECK([for working bam_calend],
3306 21 Aug 14 peter 110     [yat_cv_func_bam_calend],
3306 21 Aug 14 peter 111     [AC_RUN_IFELSE(
3306 21 Aug 14 peter 112        [AC_LANG_PROGRAM(
3306 21 Aug 14 peter 113           [_YAT_BAM_INCLUDES],
3306 21 Aug 14 peter 114           [
3306 21 Aug 14 peter 115           samfile_t* samfile = samopen("$1", "r", NULL);
3306 21 Aug 14 peter 116           if (!samfile)
3306 21 Aug 14 peter 117             return 1;
3306 21 Aug 14 peter 118           bam1_t* read = bam_init1();
3306 21 Aug 14 peter 119           while (samread(samfile, read) >= -1) {
3306 21 Aug 14 peter 120             bool have_match = false;
3306 21 Aug 14 peter 121             if (read->core.n_cigar < 1)
3306 21 Aug 14 peter 122               continue;
3306 21 Aug 14 peter 123             uint32_t end = bam_calend(&read->core, bam1_cigar(read));
3306 21 Aug 14 peter 124             // replace BAM_CMATCH with BAM_CEQUAL in cigar
3306 21 Aug 14 peter 125             for (size_t k=0; k<read->core.n_cigar; ++k) {
3306 21 Aug 14 peter 126               uint32_t& element = bam1_cigar(read)@<:@k@:>@;
3306 21 Aug 14 peter 127               uint32_t op = element & BAM_CIGAR_MASK;
3306 21 Aug 14 peter 128               if (op == BAM_CMATCH) {
3306 21 Aug 14 peter 129                 have_match = true;
3306 21 Aug 14 peter 130                 uint32_t oplen = element >> BAM_CIGAR_SHIFT;
3306 21 Aug 14 peter 131                 element = oplen<<BAM_CIGAR_SHIFT|BAM_CEQUAL;
3306 21 Aug 14 peter 132               }
3306 21 Aug 14 peter 133             }
3306 21 Aug 14 peter 134             // if no match element found, next read please
3306 21 Aug 14 peter 135             if (!have_match)
3306 21 Aug 14 peter 136               continue;
3306 21 Aug 14 peter 137             // bam_calend works on BAM_CEQUAL
3306 21 Aug 14 peter 138             if (bam_calend(&read->core, bam1_cigar(read)) == end)
3306 21 Aug 14 peter 139               return 0;
3306 21 Aug 14 peter 140             // bam_calend is not working as expected
3306 21 Aug 14 peter 141             return 2;
3306 21 Aug 14 peter 142           }
3306 21 Aug 14 peter 143           // end of data, fail
3306 21 Aug 14 peter 144           return 3;
3306 21 Aug 14 peter 145           ])
3306 21 Aug 14 peter 146        ],
3306 21 Aug 14 peter 147        [yat_cv_func_bam_calend=yes],
3306 21 Aug 14 peter 148        [yat_cv_func_bam_calend=no],
3306 21 Aug 14 peter 149        [yat_cv_func_bam_calend="guessing no"])
3306 21 Aug 14 peter 150     ])
3306 21 Aug 14 peter 151   AS_IF([test x"$yat_cv_func_bam_calend" = x"yes"],[
3306 21 Aug 14 peter 152     AC_DEFINE([HAVE_BAM_CALEND], [1], [Define to 1 if bam_calend is working])
3306 21 Aug 14 peter 153   ])
3306 21 Aug 14 peter 154 ])
3306 21 Aug 14 peter 155
3306 21 Aug 14 peter 156
3068 01 Aug 13 peter 157 # _YAT_BAM_INCLUDES
3068 01 Aug 13 peter 158 # =================
3068 01 Aug 13 peter 159 # Private macro that expand PP magic we see in 'yat/omic/bam_config.h'
3068 01 Aug 13 peter 160 AC_DEFUN([_YAT_BAM_INCLUDES],
3415 30 Apr 15 peter 161 [
3415 30 Apr 15 peter 162 @%:@if YAT_HAVE_HTS_H
3306 21 Aug 14 peter 163 @%:@ include <sam.h>
3415 30 Apr 15 peter 164 @%:@elif YAT_HAVE_HTSLIB_HTS_H
3350 20 Nov 14 peter 165 @%:@ include <htslib/sam.h>
3415 30 Apr 15 peter 166 @%:@elif YAT_HAVE_BAM_H
3415 30 Apr 15 peter 167 @%:@ include <sam.h>
3415 30 Apr 15 peter 168 @%:@ include <bam.h>
3415 30 Apr 15 peter 169 @%:@elif YAT_HAVE_BAM_BAM_H
3068 01 Aug 13 peter 170 @%:@ include <bam/bam.h>
3306 21 Aug 14 peter 171 @%:@ include <bam/sam.h>
3415 30 Apr 15 peter 172 @%:@elif YAT_HAVE_SAMTOOLS_BAM_H
3068 01 Aug 13 peter 173 @%:@ include <samtools/bam.h>
3306 21 Aug 14 peter 174 @%:@ include <samtools/sam.h>
3068 01 Aug 13 peter 175 @%:@endif
3068 01 Aug 13 peter 176 ]) # _YAT_BAM_HEADER

Generated on Sat Oct 14 02:20:26 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)