test/bam_pair_analyse.cc

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2902 13 Dec 12 peter 1 // $Id$
2902 13 Dec 12 peter 2 //
3999 08 Oct 20 peter 3 // Copyright (C) 2012, 2013, 2014, 2020 Peter Johansson
2902 13 Dec 12 peter 4 //
2902 13 Dec 12 peter 5 // This program is free software; you can redistribute it and/or modify
2902 13 Dec 12 peter 6 // it under the terms of the GNU General Public License as published by
2902 13 Dec 12 peter 7 // the Free Software Foundation; either version 3 of the License, or
2902 13 Dec 12 peter 8 // (at your option) any later version.
2902 13 Dec 12 peter 9 //
2902 13 Dec 12 peter 10 // This program is distributed in the hope that it will be useful, but
2902 13 Dec 12 peter 11 // WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
2902 13 Dec 12 peter 12 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
2902 13 Dec 12 peter 13 // General Public License for more details.
2902 13 Dec 12 peter 14 //
2902 13 Dec 12 peter 15 // You should have received a copy of the GNU General Public License
2902 13 Dec 12 peter 16 // along with this program. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
2902 13 Dec 12 peter 17
2902 13 Dec 12 peter 18 #include <config.h>
2902 13 Dec 12 peter 19
3883 24 Mar 20 peter 20 #if YAT_HAVE_HTSLIB
2902 13 Dec 12 peter 21 #include "yat/omic/algorithm.h"
2902 13 Dec 12 peter 22 #include "yat/omic/BamRead.h"
2902 13 Dec 12 peter 23 #include "yat/omic/BamReadIterator.h"
2943 04 Jan 13 peter 24 #endif
2902 13 Dec 12 peter 25
3295 25 Jul 14 peter 26 // include Suite.h late to see that algorithm.h is OK to include
3295 25 Jul 14 peter 27 // first. See ticket #793.
3295 25 Jul 14 peter 28 #include "Suite.h"
3295 25 Jul 14 peter 29 using namespace theplu::yat;
3295 25 Jul 14 peter 30
2943 04 Jan 13 peter 31 void test1(test::Suite& suite);
2943 04 Jan 13 peter 32
2943 04 Jan 13 peter 33 int main(int argc, char* argv[])
2943 04 Jan 13 peter 34 {
3201 03 May 14 peter 35   test::Suite suite(argc, argv, true);
2943 04 Jan 13 peter 36
3883 24 Mar 20 peter 37 #ifdef YAT_HAVE_HTSLIB
2943 04 Jan 13 peter 38   test1(suite);
2943 04 Jan 13 peter 39 #endif
2943 04 Jan 13 peter 40   return suite.return_value();
2943 04 Jan 13 peter 41 }
2943 04 Jan 13 peter 42
2943 04 Jan 13 peter 43
3883 24 Mar 20 peter 44 #ifdef YAT_HAVE_HTSLIB
2902 13 Dec 12 peter 45 using namespace omic;
2902 13 Dec 12 peter 46
2902 13 Dec 12 peter 47 class Counter
2902 13 Dec 12 peter 48 {
2902 13 Dec 12 peter 49 public:
2902 13 Dec 12 peter 50   Counter(void) : n_(0) {}
2902 13 Dec 12 peter 51   void operator()(const BamRead& first, const BamRead& second)
2902 13 Dec 12 peter 52   {
2902 13 Dec 12 peter 53     if (first.core().qual >= 20 && second.core().qual >= 20)
2902 13 Dec 12 peter 54       ++n_;
2902 13 Dec 12 peter 55   }
2902 13 Dec 12 peter 56   int n_;
2902 13 Dec 12 peter 57 };
2902 13 Dec 12 peter 58
2943 04 Jan 13 peter 59 void test1(test::Suite& suite)
2902 13 Dec 12 peter 60 {
2902 13 Dec 12 peter 61   std::string file = "../../data/foo.sorted.bam";
2902 13 Dec 12 peter 62
2902 13 Dec 12 peter 63   InBamFile is(file);
2902 13 Dec 12 peter 64   BamReadIterator iter(is);
2902 13 Dec 12 peter 65   BamReadIterator end;
2902 13 Dec 12 peter 66   Counter counter;
2902 13 Dec 12 peter 67   bam_pair_analyse(iter, end, counter);
3175 15 Mar 14 peter 68   if (!suite.add(counter.n_==395))
3175 15 Mar 14 peter 69     suite.err() << "n: " << counter.n_ << "; expected 395\n";
2902 13 Dec 12 peter 70   is.close();
2902 13 Dec 12 peter 71 }
2943 04 Jan 13 peter 72 #endif

Generated on Sat Oct 14 02:20:41 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)