test/dna_reverse_complement.cc

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
3475 08 Mar 16 peter 1 // $Id$
3475 08 Mar 16 peter 2
3475 08 Mar 16 peter 3 /*
3628 08 Mar 17 peter 4   Copyright (C) 2016, 2017 Peter Johansson
3475 08 Mar 16 peter 5
3475 08 Mar 16 peter 6   This file is part of the yat library, http://dev.thep.lu.se/yat
3475 08 Mar 16 peter 7
3475 08 Mar 16 peter 8   The yat library is free software; you can redistribute it and/or
3475 08 Mar 16 peter 9   modify it under the terms of the GNU General Public License as
3475 08 Mar 16 peter 10   published by the Free Software Foundation; either version 3 of the
3475 08 Mar 16 peter 11   License, or (at your option) any later version.
3475 08 Mar 16 peter 12
3475 08 Mar 16 peter 13   The yat library is distributed in the hope that it will be useful,
3475 08 Mar 16 peter 14   but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
3475 08 Mar 16 peter 15   MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
3475 08 Mar 16 peter 16   General Public License for more details.
3475 08 Mar 16 peter 17
3475 08 Mar 16 peter 18   You should have received a copy of the GNU General Public License
3475 08 Mar 16 peter 19   along with yat. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
3475 08 Mar 16 peter 20 */
3475 08 Mar 16 peter 21
3475 08 Mar 16 peter 22 #include <config.h>
3475 08 Mar 16 peter 23
3475 08 Mar 16 peter 24 #include "Suite.h"
3475 08 Mar 16 peter 25
3475 08 Mar 16 peter 26 #include "yat/omic/algorithm.h"
3475 08 Mar 16 peter 27
3475 08 Mar 16 peter 28 #include <boost/concept_archetype.hpp>
3475 08 Mar 16 peter 29 #include <boost/iterator/iterator_archetypes.hpp>
3475 08 Mar 16 peter 30
3475 08 Mar 16 peter 31 using namespace theplu::yat;
3475 08 Mar 16 peter 32 using namespace omic;
3475 08 Mar 16 peter 33 int main(int argc, char* argv[])
3475 08 Mar 16 peter 34 {
3475 08 Mar 16 peter 35   test::Suite suite(argc, argv);
3475 08 Mar 16 peter 36
3628 08 Mar 17 peter 37   std::string random("ACGTATATATAGG");
3628 08 Mar 17 peter 38   // test that reverse complement (in-place) and copy version yield same results
3628 08 Mar 17 peter 39   std::string result1(random);
3628 08 Mar 17 peter 40   dna_reverse_complement(result1.begin(), result1.end());
3628 08 Mar 17 peter 41   std::string result2;
3628 08 Mar 17 peter 42   dna_reverse_complement_copy(random.begin(), random.end(),
3628 08 Mar 17 peter 43                               std::back_inserter(result2));
3628 08 Mar 17 peter 44   if (result1 != result2) {
3628 08 Mar 17 peter 45     suite.add(false);
3628 08 Mar 17 peter 46     suite.err() << "input: " << random << "\n";
3628 08 Mar 17 peter 47     suite.err() << "dna_reverse_complement: " << result1 << "\n";
3628 08 Mar 17 peter 48     suite.err() << "dna_reverse_complement_copy: " << result2 << "\n";
3628 08 Mar 17 peter 49   }
3628 08 Mar 17 peter 50
3475 08 Mar 16 peter 51   if (false) { // do not run compiler tests
3475 08 Mar 16 peter 52     using namespace boost::iterator_archetypes;
3475 08 Mar 16 peter 53     using boost::iterator_archetype;
3475 08 Mar 16 peter 54     boost::input_iterator_archetype<char> input;
3475 08 Mar 16 peter 55     boost::detail::dummy_constructor arg;
3475 08 Mar 16 peter 56     boost::output_iterator_archetype<char> output(arg);
3475 08 Mar 16 peter 57     boost::mutable_forward_iterator_archetype<char> forward;
3475 08 Mar 16 peter 58     boost::mutable_bidirectional_iterator_archetype<char> bidirect;
3475 08 Mar 16 peter 59
3517 16 Aug 16 peter 60     boost::iterator_archetype<char
3517 16 Aug 16 peter 61       , boost::iterator_archetypes::readable_iterator_t
3517 16 Aug 16 peter 62       ,  boost::bidirectional_traversal_tag> const_bidirect;
3517 16 Aug 16 peter 63
3475 08 Mar 16 peter 64     dna_complement(input, input, output);
3475 08 Mar 16 peter 65     dna_reverse_complement(bidirect, bidirect);
3517 16 Aug 16 peter 66     dna_reverse_complement_copy(const_bidirect, const_bidirect, output);
3475 08 Mar 16 peter 67   }
3475 08 Mar 16 peter 68
3475 08 Mar 16 peter 69   return suite.return_value();
3475 08 Mar 16 peter 70 }

Generated on Sat Oct 14 02:20:53 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)