test/gff.cc

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2453 29 Mar 11 peter 1 // $Id$
2453 29 Mar 11 peter 2
2453 29 Mar 11 peter 3 /*
3875 05 Mar 20 peter 4   Copyright (C) 2011, 2012, 2019, 2020 Peter Johansson
2453 29 Mar 11 peter 5
2453 29 Mar 11 peter 6   This file is part of the yat library, http://dev.thep.lu.se/yat
2453 29 Mar 11 peter 7
2453 29 Mar 11 peter 8   The yat library is free software; you can redistribute it and/or
2453 29 Mar 11 peter 9   modify it under the terms of the GNU General Public License as
2453 29 Mar 11 peter 10   published by the Free Software Foundation; either version 3 of the
2453 29 Mar 11 peter 11   License, or (at your option) any later version.
2453 29 Mar 11 peter 12
2453 29 Mar 11 peter 13   The yat library is distributed in the hope that it will be useful,
2453 29 Mar 11 peter 14   but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
2453 29 Mar 11 peter 15   MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
2453 29 Mar 11 peter 16   General Public License for more details.
2453 29 Mar 11 peter 17
2453 29 Mar 11 peter 18   You should have received a copy of the GNU General Public License
2453 29 Mar 11 peter 19   along with yat. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
2453 29 Mar 11 peter 20 */
2453 29 Mar 11 peter 21
2881 18 Nov 12 peter 22 #include <config.h>
2881 18 Nov 12 peter 23
2453 29 Mar 11 peter 24 #include "Suite.h"
2453 29 Mar 11 peter 25
2482 24 Apr 11 peter 26 #include "yat/omic/GFF2.h"
2482 24 Apr 11 peter 27 #include "yat/omic/GFF3.h"
2482 24 Apr 11 peter 28
3840 13 Aug 19 peter 29 #include "yat/utility/Exception.h"
3840 13 Aug 19 peter 30
2483 25 Apr 11 peter 31 #include <cassert>
2482 24 Apr 11 peter 32 #include <fstream>
2482 24 Apr 11 peter 33
2453 29 Mar 11 peter 34 using namespace theplu::yat;
2482 24 Apr 11 peter 35 using namespace omic;
2453 29 Mar 11 peter 36
2482 24 Apr 11 peter 37 template<typename T>
2482 24 Apr 11 peter 38 void avoid_pedantic_warning(T t) {}
2482 24 Apr 11 peter 39
2482 24 Apr 11 peter 40 void gff2(test::Suite&);
2482 24 Apr 11 peter 41 void gff3(test::Suite&);
2482 24 Apr 11 peter 42
2482 24 Apr 11 peter 43 template<class T>
2482 24 Apr 11 peter 44 void test_gff(test::Suite&, GFF&);
2703 12 Mar 12 peter 45 void test_ticket697(test::Suite&);
3870 24 Feb 20 peter 46 void test_ticket937(test::Suite&);
3870 24 Feb 20 peter 47 void test_value_without_quote(test::Suite&);
2482 24 Apr 11 peter 48
2453 29 Mar 11 peter 49 int main(int argc, char* argv[])
2453 29 Mar 11 peter 50 {
2453 29 Mar 11 peter 51   test::Suite suite(argc, argv);
2453 29 Mar 11 peter 52
2482 24 Apr 11 peter 53   gff2(suite);
2482 24 Apr 11 peter 54   gff3(suite);
2703 12 Mar 12 peter 55   test_ticket697(suite);
3870 24 Feb 20 peter 56   test_ticket937(suite);
3870 24 Feb 20 peter 57   test_value_without_quote(suite);
2482 24 Apr 11 peter 58
2453 29 Mar 11 peter 59   return suite.return_value();
2453 29 Mar 11 peter 60 }
2482 24 Apr 11 peter 61
2482 24 Apr 11 peter 62
2482 24 Apr 11 peter 63 void test_gff(test::Suite& suite, GFF& gff)
2482 24 Apr 11 peter 64 {
2482 24 Apr 11 peter 65   std::string seqid = gff.seqid();
2482 24 Apr 11 peter 66   std::string source = gff.source();
2482 24 Apr 11 peter 67   std::string type = gff.type();
2482 24 Apr 11 peter 68   avoid_pedantic_warning<const std::string&>(gff.start());
2482 24 Apr 11 peter 69   avoid_pedantic_warning<const std::string&>(gff.end());
2482 24 Apr 11 peter 70   avoid_pedantic_warning<const std::string&>(gff.score());
2482 24 Apr 11 peter 71   avoid_pedantic_warning<const std::string&>(gff.strand());
2482 24 Apr 11 peter 72   avoid_pedantic_warning<const std::string&>(gff.phase());
2482 24 Apr 11 peter 73   const std::map<std::string, std::string>& m = gff.attributes();
2482 24 Apr 11 peter 74   avoid_pedantic_warning(m);
2482 24 Apr 11 peter 75 }
2482 24 Apr 11 peter 76
2482 24 Apr 11 peter 77 void gff2(test::Suite& suite)
2482 24 Apr 11 peter 78 {
2482 24 Apr 11 peter 79   suite.out() << "testing GFF2\n";
2482 24 Apr 11 peter 80   std::ifstream is(test::filename("data/small.gff2").c_str());
2482 24 Apr 11 peter 81   assert(is);
2482 24 Apr 11 peter 82   GFF2 gff2;
2482 24 Apr 11 peter 83   suite.add(getline(is, gff2));
2482 24 Apr 11 peter 84   test_gff(suite, gff2);
2482 24 Apr 11 peter 85   const std::string& a = gff2.attribute("genotype");
2482 24 Apr 11 peter 86   if (!suite.add(a=="T or C"))
2482 24 Apr 11 peter 87     suite.err() << "incorrect genotype value: `" << a << "'\n"
2482 24 Apr 11 peter 88                 << "expected: `T or C'\n";
2482 24 Apr 11 peter 89   is.close();
2482 24 Apr 11 peter 90 }
2482 24 Apr 11 peter 91
2482 24 Apr 11 peter 92 void gff3(test::Suite& suite)
2482 24 Apr 11 peter 93 {
2482 24 Apr 11 peter 94   suite.out() << "testing GFF3\n";
2482 24 Apr 11 peter 95   std::ifstream is(test::filename("data/small.gff3").c_str());
2482 24 Apr 11 peter 96   assert(is);
2482 24 Apr 11 peter 97   GFF3 gff3;
2482 24 Apr 11 peter 98   if (!suite.add(getline(is, gff3)))
2482 24 Apr 11 peter 99     suite.err() << "getline failed\n";
2482 24 Apr 11 peter 100   test_gff(suite, gff3);
2482 24 Apr 11 peter 101   const std::string& a = gff3.attribute("genotype");
2482 24 Apr 11 peter 102   if (!suite.add(a=="T"))
2482 24 Apr 11 peter 103     suite.err() << "incorrect genotype value: `" << a << "'\n"
2482 24 Apr 11 peter 104                 << "expected: `T'\n";
2482 24 Apr 11 peter 105   is.close();
2482 24 Apr 11 peter 106 }
2703 12 Mar 12 peter 107
2703 12 Mar 12 peter 108
2703 12 Mar 12 peter 109 void test_ticket697(test::Suite& suite)
2703 12 Mar 12 peter 110 {
2703 12 Mar 12 peter 111   suite.out() << "test ticket 697\n";
2703 12 Mar 12 peter 112   GFF2 gff;
2703 12 Mar 12 peter 113   std::ifstream is(test::filename("data/small.gff2").c_str());
2703 12 Mar 12 peter 114   assert(is);
2703 12 Mar 12 peter 115   getline(is, gff);
2703 12 Mar 12 peter 116   if (gff.attribute("genotype")!="T or C") {
2703 12 Mar 12 peter 117     suite.add(false);
2703 12 Mar 12 peter 118     suite.err() << "error: incorrect genotype: '" << gff.attribute("genotype")
2703 12 Mar 12 peter 119                 << "'; expected: 'T or C'\n";
2703 12 Mar 12 peter 120   }
2703 12 Mar 12 peter 121   getline(is, gff);
2703 12 Mar 12 peter 122   if (gff.attribute("genotype")!="T") {
2703 12 Mar 12 peter 123     suite.add(false);
2703 12 Mar 12 peter 124     suite.err() << "error: incorrect genotype: '" << gff.attribute("genotype")
2703 12 Mar 12 peter 125                 << "'; expected: 'T'\n";
2703 12 Mar 12 peter 126   }
3840 13 Aug 19 peter 127   try {
3840 13 Aug 19 peter 128     if (gff.attribute("reference")!="C") {
3840 13 Aug 19 peter 129       suite.add(false);
3840 13 Aug 19 peter 130       suite.err() << "error: incorrect genotype: '" << gff.attribute("genotype")
3840 13 Aug 19 peter 131                   << "'; expected: 'T'\n";
3840 13 Aug 19 peter 132     }
3840 13 Aug 19 peter 133   }
3840 13 Aug 19 peter 134   catch (utility::runtime_error& e) {
3840 13 Aug 19 peter 135     suite.add(false);
3840 13 Aug 19 peter 136     suite.err() << "unexpected exception thrown: what: " << e.what() << "\n";
3840 13 Aug 19 peter 137   }
2703 12 Mar 12 peter 138   is.close();
2703 12 Mar 12 peter 139 }
3870 24 Feb 20 peter 140
3870 24 Feb 20 peter 141
3870 24 Feb 20 peter 142 void test_ticket937(test::Suite& suite)
3870 24 Feb 20 peter 143 {
3870 24 Feb 20 peter 144   suite.out() << "test ticket 937\n";
3870 24 Feb 20 peter 145
3870 24 Feb 20 peter 146   std::stringstream ss;
3870 24 Feb 20 peter 147   ss << "1\tStringTie\ttranscript\t134901\t139379\t1000\t-\t.\t"
3870 24 Feb 20 peter 148      << "gene_id \"ENSG00000237683.5\"; transcript_id \"ENST00000423372.3\"; "
3870 24 Feb 20 peter 149      << "ref_gene_name \"AL627309.1\"; cov \"7.649971\"; FPKM \"3.057291\"; "
3870 24 Feb 20 peter 150      << "TPM \"7.858644\";";
3870 24 Feb 20 peter 151
3870 24 Feb 20 peter 152   GFF2 gff;
3870 24 Feb 20 peter 153   getline(ss, gff);
3870 24 Feb 20 peter 154   std::string id = gff.attribute("transcript_id");
3870 24 Feb 20 peter 155   if (id != "ENST00000423372.3") {
3870 24 Feb 20 peter 156     suite.err() << "error: incorrect ID: "
3870 24 Feb 20 peter 157                 << "transcript_id: " << id << "\n";
3870 24 Feb 20 peter 158     suite.add(false);
3870 24 Feb 20 peter 159   }
3870 24 Feb 20 peter 160 }
3870 24 Feb 20 peter 161
3870 24 Feb 20 peter 162
3870 24 Feb 20 peter 163 void test_value_without_quote(test::Suite& suite)
3870 24 Feb 20 peter 164 {
3870 24 Feb 20 peter 165   suite.out() << "test value without quote\n";
3870 24 Feb 20 peter 166   std::stringstream ss;
3870 24 Feb 20 peter 167   ss << "1\tStringTie\ttranscript\t134901\t139379\t1000\t-\t.\tlevel 1;";
3870 24 Feb 20 peter 168
3870 24 Feb 20 peter 169   GFF2 gff;
3870 24 Feb 20 peter 170   getline(ss, gff);
3870 24 Feb 20 peter 171   try {
3870 24 Feb 20 peter 172     std::string val = gff.attribute("level");
3870 24 Feb 20 peter 173     if (val != "1") {
3870 24 Feb 20 peter 174       suite.err() << "error: incorrect value: " << val << "\n";
3870 24 Feb 20 peter 175       suite.add(false);
3870 24 Feb 20 peter 176     }
3870 24 Feb 20 peter 177   }
3870 24 Feb 20 peter 178   catch (std::exception& e) {
3870 24 Feb 20 peter 179     suite.err() << "error: exception thrown: what(): " << e.what() << "\n";
3870 24 Feb 20 peter 180     suite.add(false);
3870 24 Feb 20 peter 181   }
3870 24 Feb 20 peter 182 }

Generated on Sat Oct 14 02:20:58 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)