test/phred.cc

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
3325 07 Oct 14 peter 1 // $Id$
3325 07 Oct 14 peter 2
3325 07 Oct 14 peter 3 /*
3325 07 Oct 14 peter 4   Copyright (C) 2014 Peter Johansson
3325 07 Oct 14 peter 5
3325 07 Oct 14 peter 6   This file is part of the yat library, http://dev.thep.lu.se/yat
3325 07 Oct 14 peter 7
3325 07 Oct 14 peter 8   The yat library is free software; you can redistribute it and/or
3325 07 Oct 14 peter 9   modify it under the terms of the GNU General Public License as
3325 07 Oct 14 peter 10   published by the Free Software Foundation; either version 3 of the
3325 07 Oct 14 peter 11   License, or (at your option) any later version.
3325 07 Oct 14 peter 12
3325 07 Oct 14 peter 13   The yat library is distributed in the hope that it will be useful,
3325 07 Oct 14 peter 14   but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
3325 07 Oct 14 peter 15   MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
3325 07 Oct 14 peter 16   General Public License for more details.
3325 07 Oct 14 peter 17
3325 07 Oct 14 peter 18   You should have received a copy of the GNU General Public License
3325 07 Oct 14 peter 19   along with yat. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
3325 07 Oct 14 peter 20 */
3325 07 Oct 14 peter 21
3325 07 Oct 14 peter 22 #include <config.h>
3325 07 Oct 14 peter 23
3325 07 Oct 14 peter 24 #include "Suite.h"
3325 07 Oct 14 peter 25
3325 07 Oct 14 peter 26 #include <yat/omic/phred.h>
3325 07 Oct 14 peter 27
3325 07 Oct 14 peter 28 #include <utility>
3325 07 Oct 14 peter 29 #include <vector>
3325 07 Oct 14 peter 30
3325 07 Oct 14 peter 31 using namespace theplu::yat;
3325 07 Oct 14 peter 32
3325 07 Oct 14 peter 33 int main(int argc, char* argv[])
3325 07 Oct 14 peter 34 {
3325 07 Oct 14 peter 35   test::Suite suite(argc, argv);
3325 07 Oct 14 peter 36
3325 07 Oct 14 peter 37   std::vector<std::pair<double, double> > data;
3325 07 Oct 14 peter 38   data.push_back(std::make_pair(0.1, 10.0));
3325 07 Oct 14 peter 39   data.push_back(std::make_pair(0.01, 20.0));
3325 07 Oct 14 peter 40   data.push_back(std::make_pair(0.0001, 40.0));
3325 07 Oct 14 peter 41
3325 07 Oct 14 peter 42
3325 07 Oct 14 peter 43   for (size_t i=0; i<data.size(); ++i) {
3325 07 Oct 14 peter 44     double phred = omic::phred(data[i].first);
3325 07 Oct 14 peter 45     if (!suite.equal(phred, data[i].second))
3325 07 Oct 14 peter 46       suite.add(false);
3325 07 Oct 14 peter 47     double x = omic::phred_inv(data[i].second);
3325 07 Oct 14 peter 48     if (!suite.equal(x, data[i].first))
3325 07 Oct 14 peter 49       suite.add(false);
3325 07 Oct 14 peter 50   }
3325 07 Oct 14 peter 51
3325 07 Oct 14 peter 52   return suite.return_value();
3325 07 Oct 14 peter 53 }

Generated on Sat Oct 14 02:21:21 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)