test/spearman.cc

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2636 10 Nov 11 peter 1 // $Id$
2636 10 Nov 11 peter 2
2636 10 Nov 11 peter 3 /*
2919 19 Dec 12 peter 4   Copyright (C) 2011, 2012 Peter Johansson
2636 10 Nov 11 peter 5
2636 10 Nov 11 peter 6   This file is part of the yat library, http://dev.thep.lu.se/yat
2636 10 Nov 11 peter 7
2636 10 Nov 11 peter 8   The yat library is free software; you can redistribute it and/or
2636 10 Nov 11 peter 9   modify it under the terms of the GNU General Public License as
2636 10 Nov 11 peter 10   published by the Free Software Foundation; either version 3 of the
2636 10 Nov 11 peter 11   License, or (at your option) any later version.
2636 10 Nov 11 peter 12
2636 10 Nov 11 peter 13   The yat library is distributed in the hope that it will be useful,
2636 10 Nov 11 peter 14   but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
2636 10 Nov 11 peter 15   MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
2636 10 Nov 11 peter 16   General Public License for more details.
2636 10 Nov 11 peter 17
2636 10 Nov 11 peter 18   You should have received a copy of the GNU General Public License
2636 10 Nov 11 peter 19   along with yat. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
2636 10 Nov 11 peter 20 */
2636 10 Nov 11 peter 21
2881 18 Nov 12 peter 22 #include <config.h>
2881 18 Nov 12 peter 23
2636 10 Nov 11 peter 24 #include "Suite.h"
2636 10 Nov 11 peter 25
2636 10 Nov 11 peter 26 #include "yat/statistics/Spearman.h"
2642 10 Nov 11 peter 27 #include "yat/statistics/utility.h"
2636 10 Nov 11 peter 28
2636 10 Nov 11 peter 29 #include <gsl/gsl_cdf.h>
2636 10 Nov 11 peter 30
2636 10 Nov 11 peter 31 #include <cmath>
2645 14 Nov 11 peter 32 #include <iomanip>
2636 10 Nov 11 peter 33
2636 10 Nov 11 peter 34 using namespace theplu::yat;
2636 10 Nov 11 peter 35 using statistics::Spearman;
2636 10 Nov 11 peter 36
2636 10 Nov 11 peter 37 void test_add(test::Suite&);
2636 10 Nov 11 peter 38 void test_p(test::Suite&);
2636 10 Nov 11 peter 39 void test_p_exact(test::Suite&);
2646 14 Nov 11 peter 40 void test_p_exact_with_ties(test::Suite&);
2636 10 Nov 11 peter 41 void test_score(test::Suite&);
2636 10 Nov 11 peter 42 void test_ties(test::Suite&);
2636 10 Nov 11 peter 43
2636 10 Nov 11 peter 44 int main(int argc, char* argv[])
2642 10 Nov 11 peter 45 {
2636 10 Nov 11 peter 46   test::Suite suite(argc, argv);
2636 10 Nov 11 peter 47
2636 10 Nov 11 peter 48   test_add(suite);
2636 10 Nov 11 peter 49   test_p(suite);
2636 10 Nov 11 peter 50   test_p_exact(suite);
2646 14 Nov 11 peter 51   test_p_exact_with_ties(suite);
2636 10 Nov 11 peter 52   test_score(suite);
2636 10 Nov 11 peter 53   test_ties(suite);
2636 10 Nov 11 peter 54   return suite.return_value();
2636 10 Nov 11 peter 55 }
2636 10 Nov 11 peter 56
2636 10 Nov 11 peter 57
2636 10 Nov 11 peter 58 void test_add(test::Suite& suite)
2636 10 Nov 11 peter 59 {
2642 10 Nov 11 peter 60   suite.out() << YAT_TEST_PROLOGUE;
2636 10 Nov 11 peter 61   Spearman spearman;
2636 10 Nov 11 peter 62   spearman.add(0,0);
2636 10 Nov 11 peter 63   spearman.add(1,1);
2636 10 Nov 11 peter 64   double score = spearman.score();
2636 10 Nov 11 peter 65   if (!suite.add(suite.equal(score, 1.0)))
2636 10 Nov 11 peter 66     suite.err() << "score not 1.0\n";
2636 10 Nov 11 peter 67 }
2636 10 Nov 11 peter 68
2636 10 Nov 11 peter 69
2636 10 Nov 11 peter 70 void test_p(test::Suite& suite)
2636 10 Nov 11 peter 71 {
2642 10 Nov 11 peter 72   suite.out() << YAT_TEST_PROLOGUE;
2636 10 Nov 11 peter 73   Spearman spearman;
2636 10 Nov 11 peter 74   for (size_t i=0; i<4; ++i)
2636 10 Nov 11 peter 75     spearman.add(i,i);
2636 10 Nov 11 peter 76   suite.out() << "score:\n";
2636 10 Nov 11 peter 77   double correct_score = 1.0;
2636 10 Nov 11 peter 78   suite.add(suite.equal(spearman.score(), correct_score));
2636 10 Nov 11 peter 79   suite.out() << "p-value:\n";
2642 10 Nov 11 peter 80   double correct = statistics::pearson_p_value(1, 4);
2636 10 Nov 11 peter 81   suite.out() << "p_right:\n";
2642 10 Nov 11 peter 82   suite.add(suite.equal(spearman.p_right(), correct, 5));
2636 10 Nov 11 peter 83   suite.out() << "p_value equals 2*p_right\n";
2636 10 Nov 11 peter 84   suite.add(suite.equal(2*spearman.p_right(), spearman.p_value()));
2636 10 Nov 11 peter 85 }
2636 10 Nov 11 peter 86
2636 10 Nov 11 peter 87
2636 10 Nov 11 peter 88 void test_p_exact(test::Suite& suite)
2636 10 Nov 11 peter 89 {
2642 10 Nov 11 peter 90   suite.out() << YAT_TEST_PROLOGUE;
2636 10 Nov 11 peter 91   Spearman spearman;
2636 10 Nov 11 peter 92   for (size_t i=0; i<4; ++i)
2636 10 Nov 11 peter 93     spearman.add(i,i);
2636 10 Nov 11 peter 94   suite.out() << "p_right with r=1.0\n";
2636 10 Nov 11 peter 95   suite.add(suite.equal(spearman.p_right(true), 1.0/24));
2645 14 Nov 11 peter 96
2636 10 Nov 11 peter 97   spearman.reset();
2636 10 Nov 11 peter 98   spearman.add(0,1);
2636 10 Nov 11 peter 99   spearman.add(2,2);
2636 10 Nov 11 peter 100   spearman.add(3,4);
2636 10 Nov 11 peter 101   spearman.add(10,3);
2636 10 Nov 11 peter 102   suite.out() << "p_right with r=0.8\n";
2636 10 Nov 11 peter 103   suite.add(suite.equal(spearman.p_right(true), 4.0/24));
2642 10 Nov 11 peter 104
2642 10 Nov 11 peter 105   suite.out() << "comparing exact and approimative\n";
2645 14 Nov 11 peter 106   std::vector<double> correct;
2642 10 Nov 11 peter 107   Spearman spearman2;
2642 10 Nov 11 peter 108   spearman2.add(0, 1000);
2642 10 Nov 11 peter 109   spearman2.add(1000, 500);
2645 14 Nov 11 peter 110   std::vector<double> margin(11,0.01);
2645 14 Nov 11 peter 111   margin[3] = 0.35;
2645 14 Nov 11 peter 112   margin[4] = 0.12;
2645 14 Nov 11 peter 113   margin[6] = 0.02;
2645 14 Nov 11 peter 114   margin[7] = 0.02;
2645 14 Nov 11 peter 115   using std::setw;
2645 14 Nov 11 peter 116   suite.out() << std::left;
2645 14 Nov 11 peter 117   suite.out() << setw(3) << "n"
2645 14 Nov 11 peter 118               << setw(14) << "score"
2645 14 Nov 11 peter 119               << setw(10) << "exact"
2645 14 Nov 11 peter 120               << setw(10) << "approx"
2645 14 Nov 11 peter 121               << setw(10) << "difference"
2645 14 Nov 11 peter 122               << "\n";
2645 14 Nov 11 peter 123   for (size_t i=3; i<margin.size(); ++i) {
2642 10 Nov 11 peter 124     spearman2.add(i,i);
2642 10 Nov 11 peter 125     double exact = spearman2.p_value(true);
2642 10 Nov 11 peter 126     double approx = spearman2.p_value(false);
2642 10 Nov 11 peter 127     double diff = exact - approx;
2645 14 Nov 11 peter 128     suite.out() << std::setw(3) << i
2645 14 Nov 11 peter 129                 << std::setw(14) << spearman2.score()
2645 14 Nov 11 peter 130                 << std::setw(10) << exact
2645 14 Nov 11 peter 131                 << std::setw(10) << approx
2645 14 Nov 11 peter 132                 << std::setw(10) << diff << "\n";
2645 14 Nov 11 peter 133     suite.add(suite.equal_fix(exact, approx, margin[i]));
2642 10 Nov 11 peter 134   }
2636 10 Nov 11 peter 135 }
2636 10 Nov 11 peter 136
2636 10 Nov 11 peter 137
2646 14 Nov 11 peter 138 void test_p_exact_with_ties(test::Suite& suite)
2646 14 Nov 11 peter 139 {
2646 14 Nov 11 peter 140   suite.out() << YAT_TEST_PROLOGUE;
2646 14 Nov 11 peter 141   Spearman spearman;
2646 14 Nov 11 peter 142   spearman.add(0,0);
2646 14 Nov 11 peter 143   spearman.add(1,1);
2646 14 Nov 11 peter 144   spearman.add(3,1);
2646 14 Nov 11 peter 145   spearman.add(3,1);
2646 14 Nov 11 peter 146   suite.add(suite.equal(spearman.p_value(true), 0.25));
2646 14 Nov 11 peter 147 }
2646 14 Nov 11 peter 148
2646 14 Nov 11 peter 149
2636 10 Nov 11 peter 150 void test_score(test::Suite& suite)
2636 10 Nov 11 peter 151 {
2642 10 Nov 11 peter 152   suite.out() << YAT_TEST_PROLOGUE;
2636 10 Nov 11 peter 153   Spearman spearman;
2636 10 Nov 11 peter 154   spearman.add(7.1, 2.8);
2636 10 Nov 11 peter 155   spearman.add(7.2, 2.9);
2636 10 Nov 11 peter 156   spearman.add(8.3, 2.6);
2636 10 Nov 11 peter 157   spearman.add(11.4, 5.0);
2636 10 Nov 11 peter 158   double correct = 1.0 - 6.0*(4.0+1.0+1.0+0.0)/(4*15);
2636 10 Nov 11 peter 159   suite.add(suite.equal(spearman.score(), correct));
2636 10 Nov 11 peter 160 }
2636 10 Nov 11 peter 161
2636 10 Nov 11 peter 162 void test_ties(test::Suite& suite)
2636 10 Nov 11 peter 163 {
2642 10 Nov 11 peter 164   suite.out() << YAT_TEST_PROLOGUE;
2636 10 Nov 11 peter 165   Spearman spearman;
2636 10 Nov 11 peter 166   spearman.add(7.1, 2.8);
2636 10 Nov 11 peter 167   spearman.add(7.1, 2.9);
2636 10 Nov 11 peter 168   spearman.add(7.2, 2.8);
2636 10 Nov 11 peter 169   spearman.add(8.3, 2.6);
2636 10 Nov 11 peter 170   spearman.add(9.4, 3.5);
2636 10 Nov 11 peter 171   spearman.add(10.5, 4.6);
2636 10 Nov 11 peter 172   spearman.add(11.4, 5.0);
2636 10 Nov 11 peter 173   suite.out() << "Spearman:score\n";
2638 10 Nov 11 peter 174   double correct = 0.700;
2636 10 Nov 11 peter 175   suite.add(suite.equal(spearman.score(), correct));
2636 10 Nov 11 peter 176   suite.out() << "Spearman:p_right\n";
2642 10 Nov 11 peter 177   correct = 0.0400;
2642 10 Nov 11 peter 178   suite.add(suite.equal_fix(spearman.p_right(), correct, 10e-4));
2636 10 Nov 11 peter 179   suite.out() << "Spearman:p_left\n";
2642 10 Nov 11 peter 180   suite.add(suite.equal_fix(spearman.p_left(), 1.0-correct, 10e-4));
2636 10 Nov 11 peter 181   suite.out() << "Spearman:p_value\n";
2642 10 Nov 11 peter 182   suite.add(suite.equal_fix(spearman.p_value(), 2*correct, 2*10e-4));
2636 10 Nov 11 peter 183 }

Generated on Sat Oct 14 02:21:36 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)