test/vcf_header.cc

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
3750 17 Oct 18 peter 1 // $Id$
3750 17 Oct 18 peter 2
3750 17 Oct 18 peter 3 /*
4308 10 Feb 23 peter 4   Copyright (C) 2018, 2020, 2023 Peter Johansson
3750 17 Oct 18 peter 5
3750 17 Oct 18 peter 6   This program is free software; you can redistribute it and/or modify
3750 17 Oct 18 peter 7   it under the terms of the GNU General Public License as published by
3750 17 Oct 18 peter 8   the Free Software Foundation; either version 3 of the License, or
3750 17 Oct 18 peter 9   (at your option) any later version.
3750 17 Oct 18 peter 10
3750 17 Oct 18 peter 11   This program is distributed in the hope that it will be useful, but
3750 17 Oct 18 peter 12   WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
3750 17 Oct 18 peter 13   MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
3750 17 Oct 18 peter 14   General Public License for more details.
3750 17 Oct 18 peter 15
3750 17 Oct 18 peter 16   You should have received a copy of the GNU General Public License
3750 17 Oct 18 peter 17   along with this program. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
3750 17 Oct 18 peter 18 */
3750 17 Oct 18 peter 19
3750 17 Oct 18 peter 20 #include <config.h>
3750 17 Oct 18 peter 21
3750 17 Oct 18 peter 22 #include "Suite.h"
3750 17 Oct 18 peter 23
3750 17 Oct 18 peter 24 #include "yat/omic/VcfHeader.h"
3750 17 Oct 18 peter 25
4308 10 Feb 23 peter 26 #include "yat/utility/split.h"
4308 10 Feb 23 peter 27 #include "yat/utility/utility.h"
4308 10 Feb 23 peter 28
3750 17 Oct 18 peter 29 #include <iostream>
3750 17 Oct 18 peter 30 #include <sstream>
3750 17 Oct 18 peter 31 #include <string>
3750 17 Oct 18 peter 32
3750 17 Oct 18 peter 33 using namespace theplu::yat;
3750 17 Oct 18 peter 34
3750 17 Oct 18 peter 35 int main(int argc, char* argv[])
3750 17 Oct 18 peter 36 {
3750 17 Oct 18 peter 37   test::Suite suite(argc, argv);
3750 17 Oct 18 peter 38
3750 17 Oct 18 peter 39   std::stringstream ss;
3750 17 Oct 18 peter 40   ss << "##fileformat=VCFv4.1\n"
3750 17 Oct 18 peter 41      << "##fileDate=20090805\n"
3750 17 Oct 18 peter 42      << "##source=myImputationProgramV3.1\n"
3750 17 Oct 18 peter 43      << "##reference=file:///seq/references/1000GenomesPilot-NCBI36.fasta\n"
3750 17 Oct 18 peter 44      << "##INFO=<ID=NS,Number=1,Type=Integer,Description="
3750 17 Oct 18 peter 45      << "\"Number of Samples With Data\">\n"
3750 17 Oct 18 peter 46      << "##INFO=<ID=DB,Number=0,Type=Flag,"
3750 17 Oct 18 peter 47      << "Description=\"dbSNP membership, build 129\">\n"
3750 17 Oct 18 peter 48      << "#CHROM POS     ID        REF    ALT     QUAL FILTER INFO\n";
3750 17 Oct 18 peter 49
3750 17 Oct 18 peter 50   omic::VcfHeader hdr(ss);
3750 17 Oct 18 peter 51   std::ostringstream os;
3750 17 Oct 18 peter 52   os << hdr;
3750 17 Oct 18 peter 53
3750 17 Oct 18 peter 54   for (size_t i=0; i<hdr.size(); ++i) {
3750 17 Oct 18 peter 55     if (hdr.key(i)!="INFO")
3750 17 Oct 18 peter 56       continue;
3750 17 Oct 18 peter 57     std::string id = hdr.value(i, "ID");
3750 17 Oct 18 peter 58     suite.out() << "ID: " << id << "\n";
3750 17 Oct 18 peter 59     suite.add(!id.empty());
3750 17 Oct 18 peter 60     std::string d = hdr.value(i, "Description");
3750 17 Oct 18 peter 61     std::cout << d << "\n";
3750 17 Oct 18 peter 62     suite.add(!d.empty());
3750 17 Oct 18 peter 63     suite.add(!(id=="DB" && d!="\"dbSNP membership, build 129\""));
3750 17 Oct 18 peter 64   }
3891 26 Mar 20 peter 65
3891 26 Mar 20 peter 66   // testing erase
3891 26 Mar 20 peter 67   {
3891 26 Mar 20 peter 68     size_t n_pre = hdr.size();
3891 26 Mar 20 peter 69     std::string pre = hdr.line(4);
3891 26 Mar 20 peter 70     hdr.erase(4);
3891 26 Mar 20 peter 71     size_t n_post = hdr.size();
3891 26 Mar 20 peter 72     if (n_post != n_pre - 1) {
3891 26 Mar 20 peter 73       suite.add(false);
3891 26 Mar 20 peter 74       suite.err() << "error: erase(): size did decrement\n"
3891 26 Mar 20 peter 75                   << "N pre: " << n_pre << "\n"
3891 26 Mar 20 peter 76                   << "N post: " << n_post << "\n";
3891 26 Mar 20 peter 77     }
3891 26 Mar 20 peter 78     std::string post = hdr.line(4);
3891 26 Mar 20 peter 79     if (pre == post) {
3891 26 Mar 20 peter 80       suite.add(false);
3891 26 Mar 20 peter 81       suite.err() << "error: pre and post identical\n"
3891 26 Mar 20 peter 82                   << "pre: " << pre << "\n"
3891 26 Mar 20 peter 83                   << "post: " << post << "\n";
3891 26 Mar 20 peter 84     }
3891 26 Mar 20 peter 85   }
3891 26 Mar 20 peter 86   suite.out() << hdr.line(4) << "\n";
3891 26 Mar 20 peter 87
4308 10 Feb 23 peter 88   // test VcfHeader::add_program_command
4308 10 Feb 23 peter 89   suite.out() << "test ::add_program_command:\n";
4308 10 Feb 23 peter 90   hdr.add_program_command(argc, argv);
4308 10 Feb 23 peter 91   bool found_command=false;
4308 10 Feb 23 peter 92   for (size_t i=0; i<hdr.size(); ++i) {
4308 10 Feb 23 peter 93     if (utility::contains(hdr.line(i), "vcf_header.testCommand")) {
4308 10 Feb 23 peter 94       suite.out() << hdr.line(i) << "\n";
4308 10 Feb 23 peter 95       std::vector<std::string> vec;
4308 10 Feb 23 peter 96       utility::split(vec, hdr.line(i), ';');
4308 10 Feb 23 peter 97       for (size_t j=0; j<vec.size(); ++j) {
4308 10 Feb 23 peter 98         if (utility::contains(vec[j], "Date")) {
4308 10 Feb 23 peter 99           found_command = true;
4308 10 Feb 23 peter 100           suite.out() << "date: '" << vec[j] << "'\n";
4308 10 Feb 23 peter 101           if (vec[j].size() < 20) {
4308 10 Feb 23 peter 102             suite.err() << "date value too short\n";
4308 10 Feb 23 peter 103             suite.add(false);
4308 10 Feb 23 peter 104           }
4308 10 Feb 23 peter 105         }
4308 10 Feb 23 peter 106       }
4308 10 Feb 23 peter 107     }
4308 10 Feb 23 peter 108   }
4308 10 Feb 23 peter 109   suite.add(found_command);
4308 10 Feb 23 peter 110
3750 17 Oct 18 peter 111   return suite.return_value();
3750 17 Oct 18 peter 112 }

Generated on Sat Oct 14 02:21:44 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)